Post 6: Miles de microbios nuevos 🌎
Published:
No todos los días se liberan mas de 6000 metagenomas de un solo golpe! Hace dos días (09.11.2020) investigadores del Sistema “Joint Genome Institute” del Departamento de Energía de EUA publicaron los resultados del proyecto mas grande hasta la fecha en el área de la metagenómica y reconstrucción de genomas de procariontes.
Al analizar ~4000 metagenomas públicos y sumándole ~6000 metagenomas nuevos pertenecientes a diferentes (sub)ambientes, lograron capturar nuevos grupos de bacterias y arqueas. Si comparamos sus resultados con otros proyectos similares, este proyecto cuatriplica la diversidad encontrada respecto al anterior que había encontrado la mayor biodiversidad de grupos (F1).
En concreto, lograron reconstruir mas de ~50,000 genomas de microbios, de los cuales ~12,000 son nuevos grupos: 16 filos, 456 Ordenes, 1,525 familias, 5,463 generos nuevos, son solo algunas de las atribuciones de este proyecto. Juntando muchos genomas públicos y los que lograron reconstruir, estiman que el 75% de la biodiversidad que conocemos de procariontes está representada únicamente por genomas que no hemos logrado cultivar en el laboratorio (F2).
Si nos adentramos a analizar la biodiversidad en bacterias y arqueas, vemos que estas primeras son las más diversas (en términos evolutivos), y dentro de las bacterias las Proteobacterias que son prácticamente ubicuas son las mas diversas, seguido por el grupo recién descubierto en 2014 de las Patesibacterias que tienen genomas super pequeños, y finalmente los Firmicutes (de los que no se nada). Si analizamos la biodiversidad a nivel de ambientes se aprecia que gran parte radica en ambientes acuáticos en donde mas del 80% de los grupos solo los conocemos gracias a la bioinformática. Otros ambientes que prácticamente solo conocemos por la bioinformática son las cuevas, hojarasca o la turba (F3). Curiosamente, lo único que podemos decir que conocemos relativamente bien es al humano, en donde no se encontraron muchos grupos nuevos y ~50% de los microbios ya han podido ser cultivados.
Además de todo, también se dieron a la tarea de analizar el potencial metabólico de todos estos genomas, así como posibles nuevos productos naturales que tienen potencial de ser explotados con biotecnología y aún más, relacionar cada uno de estos procariontes con sus respectivos virus. Pero eso ya es otra historia
Refs: