Post 4: ¿Y si secuenciamos todo el océano? 🌊

‘La Tierra es un planeta megadiverso’ que, para ser comprendido, necesita de megaproyectos. Si nos centramos en los océanos que abarcan poco más del 70% de la superficie terrestre, el reto suena enorme en sentido económico, logístico y técnico … pero proyectos los hay (F1).

El primer gran proyecto genómico-oceánico se realizó en 2003 por Craig Venter y su equipo quienes secuenciaron a los microorganismos dentro del el mar de los sargazos en el océano atlántico y encontraron 1,200,000 genes nuevos. Unos pocos años después probado ya el concepto, el mismo equipo realiza el proyecto GOS (Global Ocean Sampling Expedition), que abarca un muestreo ya de dimensiones globales e identifica 6,120,000 nuevos genes, casi duplicando la cantidad de genes ya registrados en las bases de datos en ese entonces. En 2008, el equipo del biólogo francés Éric Karsenti conceptualiza el que hasta el momento es el proyecto genómico-oceánico más grande que conozco, los Océanos de TARA (F2) cuyo fondeo económico proviene de mas de 20 instituciones entre los que se encuentra el gobierno de Francia, la Unión Europea, la NASA e incluso inversiones de filántropos y de los mismos investigadores quienes realizaron la expedición.

Los Océanos de TARA es un proyecto en toda la extensión de la palabra —increíble— que busca conocer la biológica de partículas nanométricas como los virus hasta los metazoarios como las medusas, que habitan en los océanos desde la zona epipelágica/superficial hasta la mesopelágica a 1000m de profundidad (F3). Para ello colectaron poco más de 35,000 muestras de agua a partir de 210 sitios distribuidos en todos los océanos, registrado 37 variables abióticas como la temperatura, profundidad y diferentes compuestos químicos; y a partir de cada una de las muestras, conocer el contenido genómico de ellas a partir de técnicas como la secuenciación de DNA (Metabarcoding), Metagenómica, Metatranscriptómica e integrado la información con imagenología identificando así ~36,000,000 genes nuevos, solo por mencionar uno de los tantos resultados del proyecto.

En el artículo de Sunawaga et al. (2020) publicado hace unos días y que conmemora la publicación #100 de los Océanos de TARA, se detalla mejor todo lo que implico el proyecto, desde términos logísticos hasta el necesario desarrollo de nuevas técnicas bioinformáticos que llevaron a cambiar muchos paradigmas de la biología. Lo mejor de todo, es que toda la información, desde las secuencias, las más de 7,000,000 de microfotografías y registros de variables abióticas, son de acceso publico para que todo quien se quiera aventurar a analizarlas pueda hacerlo. Les dejo mas recursos para aprender del tema y si tienen una pregunta saben que me pueden echar un mensaje.

Refs.

1. El artículo de Sunawaga et al. (2020) y #100 de TARA oceans
2. Otro más corto que les recomiendo para aprender mas de los procesos globales
3. Una pagina interactiva para apreciar las profundidades del océano y lo que hay en el
4. Una pagina de un proyecto artístico y de divulgación generado a partir de las microfotografías de Tara