Post 34: Plegando proteínas un paso a la vez con ESMFold 🎥

Es interesante ver como una IA va plegando una proteína, aunque no tiene nada que ver con la biofísica del proceso de plegamiento. ¿o si? 🤔 Aquí un ejemplo (coloreado por pLDDT) de como es que la ESMFold va plegando a la proteína Top7, que fue la primera proteína de novo diseñada por computadora. Aqui varios ejemplos.

Proteína: Top7

Proteína: TEM-1 betalactamasa

Proteína: TIM barrel

Si quieren hacer su propio video con su proteína favorita pueden usar este jupyter notebook para generar su predicciones y luego verlas con ChimeraX:

• Notebook

O este otro que usa AlphaFold2 (hecho por Sergey Ovchinnikov):

• Notebook

Si lo hacen, compartan su vidio y así armamos un OF de proteínas 😬!

Post inspirado por el experimento de Martin Pacesa