Post 13: Ubica donde vide tu bacteria con Sandpiper
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¿Quieres conocer dónde vive tu bacteria/arquea favorita pero no tienes ni idea de como saberlo? 🧐
Sandpiper es una base de datos que ha analizado ~250,000 metagenomas y ha clasificado taxonómicamente cada una de sus lecturas de ADN. Así podemos saber en cuantos metagenomas ha sido detectado nuestro bicho, en que ambientes, cuál es su distribución geográfica, etc. Solo busca el taxon que quieras basado en la taxonomía de la Genome Taxonomy Database.
Por ejemplo, aquí están los datos de las arqueas del filo Asgardarchaeota (p__Asgardarchaeota). De los ~9,500 metagenomas donde se detectaron arqueas asgardianas, estos parecen los ambientes más comúnes donde encontrarlas.
y el codigo para reproducir la figura
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