Post 2: La huella de carbono de la bioinformática ♻️

El día de hoy se estrenó en Netflix el documental “Una vida en nuestro planeta” [1] que es el testimonio en vida respecto al cambio climatico de uno de los naturalistas que más admiro, David Attenborough; un privilegiado que con de 94 años de edad ha podido recorrer todos los grandes biomas en nuestro planeta desde sus 20 años. Les recomiendo encarecidamente que lo vean y que lo compartan con quienes les interese. Como biólogo, tuve varios sentimientos encontrados. Por la brevedad del tiempo, varios puntos son imposibles de abracar, por ejemplo, la distribución de los recursos y la política ambiental. Pero el mensaje esencial está ahí: debemos recuperar la biodiversidad.

Lamentablemente yo creo hacer muy poco o nada por ello, más que informarme. Como biólogo computacional y entusiasta de las tecnologías del silicio, me apasiona leer los avances la computación científica. Pero al igual que todo el mundo digital, como Netflix y FaceBook, también tienen un costo ecológico que no suele apreciarse. Por ejemplo, resolver las relaciones evolutivas de varios animales [2] produjo una huella de carbono de 9 toneladas de CO2 en 2011; 8 años después [3] y con muchos mas datos aun, los análisis detallados de dicho grupo de animales produjeron 290 toneladas CO2, equivalentes a 137 vuelos redondos entre New York y Paris. Un aspecto que resulta muy irónico.

Aunque el tema del mundo digital y del cómputo científico tienen muchos matices a discutir, su interés respecto a la huella de carbono ha aumentado y se ha sugerido, al menos para el área de la astronomía [4,5] que los lenguajes de programación de alto nivel (que son más crudos en su encriptación/procesamiento) y los que son capaces de explotar el computo paralelo, tardan menos en operar y, por ende, generan una menor huella de carbono en la resolución del algoritmo. Esperemos que esto mejore y que nuestra búsqueda por entender la biodiversidad aun valga la pena.

Refs:

1. David Attenborough: Una vida en nuestro planeta
2. Ejemplos de filogenias computacionalmente costosas:
   • Acoelomorph flatworms are deuterostomes related to Xenoturbella
   • Mitigating Anticipated Effects of Systematic Errors Supports Sister-Group Relationship between Xenacoelomorpha and Ambulacraria
3. The Ecological Impact of High-performance Computing in Astrophysics
4. El plot